Основная статья: Тайны Смолвиля (третий сезон)
Под действием красного криптонита Кларк грабит банки в Метрополисе. Джонатан совершает сделку с Джор-Элом и получает силу, подобную силе Кларка, чтобы вернуть его домой, пообещав отправить его потом Джор-Элу. Лекс возвращается с острова. Лайонел травит Лекса лекарствами, пытаясь убедить всех, что у Лекса нервный срыв, чтобы никто не поверил в то, что Лекс узнал, что Лайонел убил своих родителей. Также Лайонел обнаруживает у себя неизвестное заболевание печени и пытается раскрыть секрет пещер Ковачи, надеясь, что это исцелит его. Лана встречает парня по имени Адам, но вскоре узнаёт, что он — генетический клон, созданный Лайонелом, чтобы следить за Кларком. Лана собирается уехать в Париж, чтобы изменить свою жизнь, хотя всё ещё любит Кларка. Пит уезжает, объясняя это тем, что ему слишком сложно и опасно хранить тайну Кларка. Лайонела Лютора заключают в тюрьму за убийство своих родителей, Кларк узнаёт, что Лекс всё ещё хранит на него архив и перестаёт быть ему другом. Из-за мести Лайонел травит Лекса и взрывает дом Хлои.

Из стен пещеры выходит девушка с Криптона, обладающая умениями большими, чем Кларк, и зовёт его к Джор-Элу, говоря, что самые близкие его предадут. Кларк соглашается, когда узнаёт, что приёмные родители предали его Джор-Элу. Джонатан впадает в кому, а Кларк в глубокой депрессии направляется к Джор-Элу.

Основная статья: Тайны Смолвиля (пятый сезон)
На Землю прилетает космический корабль Брейниака, вторым потоком метеоритного дождя разрушая половину Смолвиля. Двое криптонцев (мужчина и женщина) — слуги некоего генерала Зода — прибыли сюда, чтобы отомстить сыну Джор-Эла… Тем временем на Северном полюсе кристалл создаёт ледяной замок — Крепость Одиночества.

Кларк вступает в поединок со слугами Зода, которые пытаются отправить его в Фантомную Зону — потустороннюю тюрьму. В последний момент Кларку удаётся одолеть криптонцев и отправить в Фантомную Зону их самих. Джор-Эл лишает сына сил за то, что тот не вернулся в Крепость Одиночества, чтобы начать обучение, предпочтя своему предназначению жизнь простого смертного.

Лекс, навещая отца, невольно организует побег трёх метеоритных фриков, которые берут в заложники родителей Кларка и Лану. Кларку удаётся одолеть их без своих сил. Решив, что побег был подстроен Лексом, он приходит к нему в дом, и между ними завязывается драка. Лекс убеждается в том, что Кларк — обычный человек и между ними дружба заканчивается.

И, наконец-то за все 5 сезонов, Кларк провёл незабываемую ночь с любимой девушкой, Ланой Лэнг, но вскоре Кларк погибает от рук психопата, который собирается уничтожить Смолвиль ядерным ударом. Джор-Эл воскрешает сына и возвращает ему силу, но предупреждает, что по закону Равновесия взамен один из дорогих Кларку людей умрет.

Кларк учится в университете, где его преподавателем и противником в сезоне является вестник Зода Милтон Файн, он же Брейнниак, искусственный интеллект с Криптона, взорвавший планету для достижения своих целей. Выдавая себя за криптонца, Файн входит в доверие к Кларку и едва не выпускает Зода из Фантомной Зоны, но благодаря Хлое Кал-Эл одерживает победу над Файном.

Лекс Лютор и Джонатан Кент баллотируются в сенаторы. Кларк открывает свою тайну Лане, показывая ей Крепость Одиночества, и свои способности. Там же он делает ей предложение. И вечером она даёт своё согласие и говорит о своей любви. Лекс проигрывает в выборах и звонит Лане, она приезжает, разговор заканчивается ссорой и она уезжает. Лана едет по шоссе и не справляется с управлением из-за звонка и преследования Лекса, погибает, врезавшись в автобус. Кларк приходит в Крепость Одиночества и просит вернуть Лану, он возвращается в прошлое, чтобы не допустить её смерти, но вместо Ланы от сердечного приступа умирает Джонатан Кент. Некоторое время Лана и Кларк встречаются, он ей не рассказывает о себе и между ними по-прежнему есть тайна. Позже Лана начинает встречаться с Лексом. Лайнел Лютор узнаёт секрет Кларка, начинает его оберегать и становится оракулом Джор-Эла.

Восстановившийся Милтон Файн наделяет Лекса силой криптонца, чтобы использовать его тело в качестве телесной оболочки для души Зода. Джор-Эл велит Кларку убить Лекса, но вместо этого он пробивает Файна, не подозревая, что тем самым освободит Зода и позволит ему вселиться в Лекса. Генерал Зод отправляет Кларка в Фантомную Зону.

Основная статья: Тайны Смолвиля (седьмой сезон)
Кларк побеждает Бизарро с помощью Солнца и нового «друга» с Марса, который является «Наёмным телохранителем» Кал-Эл’a, после чего находит корабль девушки с Криптона. Оказывается, что она его кузина — Кара. Кара поселяется у Кларка и представляется под именем Кара Кент. Хлоя умирает, спасая свою сестру, но потом вдруг оживает в морге. Лекса арестовывают за убийство жены. Кларк уже почти смирился со смертью любимой Ланы, но оказывается, что она жива. Она подстроила свою смерть, а всё это время пряталась в Шанхае. Лекс даёт Лане развод, оставляя половину своего состояния. Лана возвращается в Смолвиль и приходит к Кларку.

Кларк активизирует кристалл Кары и из него появляются Зор-Эл (брат Джор-Эл’a) и Лара. Зор-Эл пытается уничтожить людей, затмив солнце. Кара теряет память и оказывается в другом городе. Возвращается Биззаро. Бизарро живёт жизнью Кларка с Ланой и выслеживает Брейниака, в то время, как Кларк заморожен в Крепости. Лана наслаждается «новым Кларком» и делится информацией, которую она собрала о серийном убийце, который высасывает из жертв все микроэлементы. Они вдвоём приходят к выводу, что это должен быть Брейниак и Бизарро отправляется на его поиски.

Тем временем в Daily Planet появляется новый главный редактор. Как позже оказывается — это младший брат Лекса, которого он клонировал. Позже, когда он узнает, что он всего лишь клон, он начинает общаться с Лайонелом. Лютор старший решает признать клона своим родным сыном, наравне с Александром, однако не скрывает, что симпатизирует клону. Лекс убивает клона.

Лекс находит Кару. Лайнел использует криптонит против Кларка, и теряет его уважение. Джор-Эл восстанавливает память и силы Каре. Лекс узнает, что Лайнел уже давно искал странника (Кларка) и состоял в обществе его защиты. У этого общества есть тайная шкатулка, один из ключей которой у Лайнела. Лекс убивает отца за этот ключ. Оказывается, что ключ Лайонел успел передать Хлое, которая сама того не подозревала. Лекс забирает у неё ключ. Кларк, узнав это, приходит в особняк Лекса, но не находит там ключ. Между ними состоялся разговор. Лекс обвиняет Кларка в том, что тот отнял у него любовь отца, девушку, друзей, лишил даже надежды на нормальную семью и клянётся приложить все усилия, чтобы разрушить счастливую жизнь Кента. На похороны Лекс никого не пустил, но Кларк всё равно приходит.

Неожиданно объявляется Брейниак (Милтон Файн), который парализует Лану. Кларк уничтожает Брейниака, но Лана, очнувшись от комы, покидает Кента, оставив ему видеозапись о причине своего поступка.

На могиле Лайонела Лютора между двумя бывшими друзьями происходит самый главный разговор. Кроме того, он клянётся раскрыть тайну Кларка. Сезон оканчивается тем, что Кларк остаётся со своей болью, а Лекс в то же время находит древний инопланетный артефакт и узнаёт имя криптонца. Отправившись в Арктику, Лекс обнаруживает крепость. Кларк прибегает туда слишком поздно. Артефакт лишает его сил, крепость рушится, Лекс и Кларк остаются под завалами…

Основная статья: Тайны Смолвиля (девятый сезон)
После битвы с Думсдеем прошло около месяца. Кал-Эл начинает обучение в Крепости Одиночества. Ему удаётся восстановить систему, и он начинает тренировки. Решив изменить свою жизнь, Кларк создаёт себе «костюм» — чёрную футболку, на груди которой мелом нарисован знак дома Элов, который используется как символ. Теперь везде, где бы Красно-Синее Пятно не геройствовал, остаётся знак «S». В криминальных кругах Метрополиса обеспокоены новоявленным супергероем, хоть им и стало легче, после того как Зелёная Стрела и его банда отошли от дел. Внезапно появляется Лоис, не помнящая события последних недель. А в замке Люторов молодой Зод, майор войск Криптона, сталкивается с проблемами в своём отряде.

Хлоя решает воссоздать команду Зелёной Стрелы, после того как Кларк отказывается изменить прошлое — спасти Джимми Олсена и убить Думсдея. В редакции Daily Planet появляется новый сотрудник, чьё мнение о Красно-Синем пятне крайне негативное. Вскоре выясняется, что Красно-Синего пятна больше нет — только Пятно, в котором с трудом узнаётся знак S. Оливер Куинн сжигает костюм Зелёной Стрелы и отходит от геройства. Он пытается вернуть Лоис, но безрезультатно. Куинн встречает девушку Мию, которая является членом отряда генерала Зода.

Майор Зод пытается выяснить, что пошло не так во время высадки на Землю. Среди криптонцев оказывается Джор-Эл, который уже «бывал» на Земле полвека назад. Поднимая архивы, криптонцы узнают символ дома Элов. Решив, что Джор-Эл предал экспедиционный корпус, Зод решает покарать предателя. С целью обнаружения Пятна один из солдат Зода выпускает вирус, справиться с которым можно только с помощью крови криптонца. Пытаясь вернуть себе силы, кандорианцы взламывают системы LuthorCorp, крадут прототипы и используют свою передовую науку, чтобы объединить их в Металло — киборга, созданного в попытке воссоздать Брейниака. Веря, что Пятно — это Джор-Эл, Зод решает во что бы то ни стало заполучить такие же силы.

Джор-Эл приходит на ферму Кентов, где встречает Хлою. Выясняется, что кандорианцы, вышедшие из сферы — часть генетических экспериментов Криптона. Материалы для клонирования были взяты за двадцать лет до уничтожения Криптона — когда была уничтожена столица Кандор. Становится известной ещё одна деталь — Джор-Эл и Зод были лучшими друзьями. Их дружба дала трещину, когда Джор-Эл отказался воскресить сына Зода в рамках экспериментов с клонированием. И тогда генерал решил использовать для этих целей Думсдэя. Джор-Эл потрясён рассказом Хлои об «уничтожении» Криптона Зодом и тем, что у него есть сын. Тесс похищает Джор-Эла и убеждает его выдать себя за Пятно, чтобы защитить Кларка. Тем не менее, Зоду удаётся раскусить обман. Джор-Эл умирает на руках у Кларка. Теперь Зод знает, кто такой Пятно и собирается использовать его, чтобы получить силу жёлтого солнца.

Лоис впадает в кому. Тесс похищает её, чтобы узнать будущее, но ей мешает Кларк, который случайно соединяет своё сознание с сознанием Лоис. Он видит будущее, в котором он выступил против Зода и проиграл. Зод сделал солнце красным, вместе со своими солдатами получив суперсилы и лишив их Кларка. Зод был побежден, но погибли Хлоя и Оливер, Кларк был смертельно ранен. Лоис надевает кольцо Легиона, чтобы изменить прошлое.

Кларк решает исполнить последнюю просьбу отца и спасти Зода от его тёмной стороны. Он приходит в его убежище, и Зод приказывает всем кандорианцам опуститься на колени перед Кал-Элом. Кларк становится предводителем криптонцев на Земле.

На Лоис и Хлою совершают нападения. Все улики указывают на Оливера. Кларк узнаёт, что Зелёная Стрела вернулся не по собственной воле, что Хлоя вновь начинает манипулировать людьми для достижения своих целей. Выясняется, что покушения совершал Тёмный Лучник — наставник Оливера Куина в Клубе Кельтских Убийц — бывшей подъячейке Лиги Теней. Следуя правилу клуба «Ни любовницы, ни соратника, ни ученика», Вордиган пытается вернуть Зелёную Стрелу, в результате чего тот его ранит. Зод узнает о Лоис, он начинает понимать её значение и весь замысел Джор Эла. Кларк предупреждает генерала, что если тот тронет Лэйн хоть пальцем — криптонцы заплатят дорогую цену.

На Хлою выходит таинственный человек в звёздно-полосатом костюме. Он называет её Сторожевой Башней, намекает на Зелёную Стрелу и Пятно, но договорить не успевает. Почувствовав приближение угрозы, он швыряет её в мусорный бак. Выбравшись из него, Хлоя обнаруживает труп незнакомца. Начав вместе с Кларком расследование, они выходят на тайное общество Золотого Века супергероев — Общество Справедливости Америки. Убивают ещё одного героя — Песочного человека. Кларк наведывается в штаб-квартиру Общества — музей, и обнаруживает Человека-Ястреба и Доктора Фэйта, который в полузабытье вещает о судьбах бывших членов: Капитана Атома распылили, Часовщик сломался, Зелёный Фонарь Алан Скотт — на ОА у хранителей Вселенной (его увидим в фильме «Зеленый Фонарь»). Хлоя пытается собрать всех известных супергероев, но откликается только Марсианский Охотник. В морге Хлоя и Кларк встречают Доктора Фэйта, который предсказывает Хлое такую же тяжкую ношу, как у него. Кларку же Судьба говорит, что когда он явит миру своё альтер-эго (Супермена, наступит эра Серебряного века (в это же время появляются в Готэме Бэтмен, Хэл Джордан становится Зелёным Фонарем, а Диана покидает Темескиру). Фэйт называет Кларка другом и показывает видение его смерти — развевающийся в небе красный плащ с символом Супермена. Кал Эла телепортируют в штаб Общества. Ученица Стармэна, Старгёрл, уговаривает Человека-Ястреба довериться Кларку и его Лиге. Однако Зелёная Стрела провоцирует конфликт. Лишь вмешательство Марсианского Охотника спасает положение. Джон Джонс предлагает действовать сообща, Хлоя и Старгёрл находят данные об убийце. Им оказывается сын злодея Сосульки — Сосулька младший, который работает на таинственную правительственную организацию по отлову пришельцев «Шах и мат». Тесс Мёрсер, кстати, спящий агент этой же организации. Лоис подбрасывают материал об Обществе Справедливости, в котором содержится правительственное досье на всех её членов.

Команда разделяется: Человек-Ястреб с Зелёной Стрелой (отношения у них как у кошки с собакой, позже точно такие же будут у ученика Ястреба — Тёмного рыцаря с Зелёной Стрелой), Кларк со Старгёрл (она от него без ума — по характеру он очень похож на её наставника Звёздного мальчика). Марсианский Охотник вместе с Доктором Фэйтом попадают в засаду. Доктор ценой своей жизни спасает Джона, зашвыривая его на Марс в прошлое, тем самым возвращая его псионические способности. Марсианин впадает в псионическую кому. Сосулька забирает шлем Фэйта и с его помощью видит свою победу над героями. Он почти побеждает, но его останавливает Марсианский Охотник — полный сил и с новыми способностями.

Лоис печатает статью об обществе Справедливости, о супергероях узнаёт весь мир. Хлоя обнаруживает, что почти все дети врагов Общества попадали в тюрьму за преступления, но были освобождены кем-то неизвестным. Глава «Шах и мат» говорит Сосульке, что тот свою работу сделал и теперь он — часть Отряда Смертников. Кларк обеспокоен словами Доктора Фэйта, что на данный момент его враг — Лекс Лютор. Его начинают терзать подозрения. Глава «Шах и мат» надеется, что супергерои помогут противостоять инопланетянам (в частности криптонцам).

Кларк узнаёт кто убил его отца, Зод требует, чтобы он поступил по криптонским законам. Кларк отказывается. Зод мстит за своего друга, а позже говорит, что Кал-Эл отрекается от обычаев Криптона. Кларк уничтожает ретрансляционные башни, разрушив мечты кандорцев на обретение сверхсил.

Зод ценой своей жизни спасает Лоис. Кларк находит его раненым, лежащем на полу. Он использует свою кровь, чтобы исцелить рану Зода. Благодаря крови Кал-Эла, Зод приобретает криптонские способности. А образец крови Кларка попадает к Главе «Шах и мат». Но в конце концов Марсианин уничтожает образец крови. Кларк начинает доверять Зоду. Хлоя и Оливер готовяться к войне с криптонцами. Потратив миллионы, они собирают арсенал оружия из криптонита. Между Хлоей и Оливером разгорается роман. Тесс следит за ними. В это время в тюрьме Игрушечник завершает апгрейд Металло, по заказу Мёрсер. Зод выдаёт себя за Пятно и начинает собирать информацию о криптонитовом оружии.

Кларк подвергается воздействию красного криптонита. Узнав о криптонитовом оружии, он уничтожает его, решив, что Хлоя предала его, и узнает о возвращении способностей Зода. Кларк приглашает его в Крепость Одиночества. Тесс и Хлоя временно объединяются и отправляют в Крепость восстановленного Металло, который, одолев обоих криптонцев, освобождает Кларка от действия красного криптонита. Зод сбегает, после чего собирает верных ему кандорианцев в Крепости и возвращает им суперсилы. Чувствуя угрозу со стороны «Шах и мат», криптонцы начинают готовиться к войне.

Отвергнув предложение о сотрудничестве, Куин пытается убить Зода. Спасаясь от агентов «Шах и мат», Тесс прячется у Хлои. Не желая отдавать архивы Башни в руки правительства, они уничтожают базы данных. Кларк спасает от «Шах и мат» кандорианцев, которые ещё не обрели способности. Беременная Фаора рассказывает Кларку о книге Рао, которая была послана вместе с кандорианцами на Землю. Зод считает отказ Фаоры присоединиться к нему предательством и убивает её. Он обманывает криптонцев, обвиняя в её смерти полностью уничтоженный «Шах — мат». Фаору он приносит в жертву будущей победе. Кларк пытается переубедить солдат Зода, предотвратить войну, но они остаются верны своему командиру.

Зод отправляет свою армию на поиски книги Рао, вынуждая Хлою вызвать подкрепление в виде старых друзей. Марта Кент находит книгу Рао, которая способна отправить всех криптонцев на Земле в другой мир, и отдаёт сыну. Зод говорит Лоис Лэйн, что он и есть Пятно и просит, чтобы она украла Книгу Рао у Кларка. Разрываясь между Кларком и Пятном, Лоис просит, чтобы Кларк был с ней искренен, но он отказывается. Хлоя и Оливер пытаются восстановить работу спутниковой системы Сторожевой Башни, чтобы сражаться с кандорианцами, но, внезапно, Зелёную Стрелу похищают. Тесс пытается остановить Зода, но в итоге сама остаётся умирать. Кларк и Зод борются за обладание книгой Рао. Тем временем, Лоис становиться известно, что Кларк и Пятно знакомы уже давно, она находит записи доктора Свона, в которых записана история Криптона и имя пятна — Кал-Эл.

Лоис раскрывает обман Зода, отдаёт книгу Рао Пятну и понимает, что это Кларк. Кал-Эл оказывается окружён всеми кандорианцами во главе с Зодом, который в гневе, забыв о суперслухе своих солдат, признаётся в убийстве Фаоры. Криптонцы восстают против него, и Кларк использует книгу Рао, чтобы открыть портал в их новый дом. Зод достаёт кинжал из синего криптонита и нападает на Кал-Эла. Кларк приносит себя в жертву, позволив нанести себе смертельный удар, и падает с небоскреба с кинжалом в груди, благодаря чему портал втягивает в себя Зода, лишившегося действия синего криптонита.